Élie Semoun est né au sein d'une famille juive d'origine marocaine. En 1980, à l'âge de 17 ans, le jeune Élie a déjà composé deux recueils de poèmes et deux pièces de théâtre (La Pièce décousue et La Pièce d'identité). À partir de 1988, il apparaît régulièrement à la télévision dans la série « Vivement Lundi », où il interprète un coursier monté sur rollers.

Sa carrière d'humoriste commence en 1990 avec son complice et ami d'adolescence Dieudonné, avec qui il écrit et interprète des sketchs acerbes et audacieux sur des thèmes généralement tabous (le racisme, la misère…) en n'hésitant pas à jouer sur les contrastes qui l'opposent à son partenaire (origines, couleur, religion…).

Leur premier spectacle se tient au "Café de la Gare en 1991". Le duo acquiert une certaine notoriété en 1992 après plusieurs apparitions dans l'émission d’Arthur, « L'Émission impossible », où les deux comiques se font remarquer par leurs sketchs corrosifs. Ensuite, les succès s'enchaînent au Splendid, au Palais des Glaces et au Casino de Paris. Elie et Dieudonné forment alors l'un des duos les plus populaires des années 90.

En 1997, le duo se sépare pour des différends artistiques et financiers. Élie supporte mal la façon radicale dont Dieudonné gère leurs relations avec les médias, et ce dernier admet difficilement que son compère se tourne vers le cinéma (et notamment le fait qu'il soit parti tourner aux États-Unis).

Une fois seul, Élie continue sur la voie du succès avec « Les petites Annonce d’Elie » (tout d'abord destinées à être diffusées dans une émission humoristique en compagnie de Dieudonné, qui ne verra jamais le jour) aux côtés de son ami, l'acteur Franck Dubosc, assurant une nouvelle fois la promotion de ses sketchs grâce à l'animateur Arthur dans « Les Enfants de la Télé ». Inspirées de véritables petites annonces enregistrées par des quidams dans une camionnette mise à leur disposition, « Les Petites Annonces d'Élie » font tout de suite mouche grâce au personnage de Cyprien, collectionneur au physique repoussant à la recherche d'une "blonde à forte poitrine".

Élie Semoun remonte sur les planches avec son One-Man-Show : Élie et Semoun. Il soutient Bertrand Delanoë durant la campagne municipale de 2001 à Paris, et Lionel Jospin lors de l’Election Présidentielle de 2002. En 2003, il sort un album de variétés françaises, nommé tout simplement « Chansons ». Début 2005, son nouveau spectacle s'appelle : Élie Semoun se prend pour qui ?

Élie Semoun a entretenu, depuis sa séparation avec Dieudonné, des relations complexes et tendues avec son ancien complice. D'abord brouillés, puis réconciliés, ils se sont à nouveau éloignés à l'occasion des polémiques publiques suscitées par les prises de position politiques de Dieudonné. Après une réconciliation, Élie Semoun a rompu définitivement avec Dieudonné en apprenant que ce dernier avait choisi Le Pen comme parrain d'une de ses filles.

Son nouvel album intitulé Sur le fil est sorti le 19 mars 2007. Le dernier volume en date de ses petites annonces est en vente en novembre 2007. Les sketchs sont toujours écrits par Élie Semoun et Franck Dubosk, mais cette fois assistés de l'humoriste Manu Payet.

Élie a joué pour la dernière fois son spectacle « Élie Semoun se prend pour qui ? » le 16 juin 2007

En 2007, il signe une pétition en faveur de Ségolène Royal et participe à plusieurs meetings de soutien de la candidate socialiste.

Il présente son nouveau spectacle « Merki » à l’Olympia à Paris, du 8 au 25 octobre 2008, et part en tournée dans toute la France, avec « des mondes à faire visiter, des personnages drôles et pathétiques à inventer ou à réinventer ».

En 2010, il participe au DVD de sketchs de Jamel Debbouze « Made in Jamel ».

Depuis le 10 janvier 2012, il est sur scène au Trianon (Paris), avec son nouveau spectacle « Tranche de vies », et prépare une tournée dans toute la France.